Kepemimpinan Nyai
Setelah Kiai Ahmad Dahlan meninggal dunia pada 1923, Nyai Ahmad Dahlan terus aktif di Muhammadiyah dan Aisyiyah. Pada tahun 1926, ia memimpin Kongres Muhammadiyah ke-15 di Surabaya. Beliau adalah wanita pertama yang memimpin konferensi seperti itu. Sebagai hasil dari liputan luas media di koran-koran seperti Pewarta Surabaya dan Sin Tit Po, banyak perempuan terpengaruh untuk bergabung ke dalam Aisyiyah, sementara cabang-cabang lainnya dibuka di pulau-pulau lain di Nusantara.
Nyai Ahmad Dahlan terus memimpin Aisyiyah sampai 1934. Selama masa pendudukan Jepang, Aisyiyah dilarang oleh Militer Jepang di Jawa dan Madura pada 10 September 1943, ia kemudian bekerja di sekolah-sekolah dan berjuang untuk menjaga siswa dari paksaaan untuk menyembah matahari dan menyanyikan lagu-lagu Jepang. Selama masa Revolusi Nasional Indonesia, ia memasak sup dari rumahnya bagi para tentara dan mempromosikan dinas militer di antara mantan murid-muridnya. Dia juga berpartisipasi dalam diskusi tentang perang bersama Jenderal Sudirman dan Presiden Soekarno.
Warisan Nyai
Nyai Ahmad Dahlan meninggal pada pukul 13:00 siang pada tanggal 31 Mei 1946 dan dimakamkan di belakang Masjid Gedhe Kauman, Yogyakarta empat jam kemudian. Sekretaris Negara, Abdoel Gaffar Pringgodigdo dan Menteri Agama, Rasjidi mewakili pemerintah pada saat pemakamannya.
Pada 10 November 1971, Nyai Ahmad Dahlan dinyatakan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia oleh Presiden Soeharto sesuai dengan Keputusan Presiden Nomor 42/TK Tahun 1971; Ahmad Dahlan telah diangkat sebagai Pahlawan Nasional sepuluh tahun sebelumnya. Penghargaan tersebut diterima oleh cucunya, M Wardan. Beliau telah dibandingkan dengan pembela hak perempuan, Kartini dan gerilyawan, Cut Nyak Dhien dan Cut Nyak Meutia.
