Di sana ia membangun aliansi dengan tentara Salib dan mengajak mereka untuk bersama-sama merebut kekuasaan dari Syirkuh, sebagaimana yang dulu ia lakukan saat datang ke Istana Nuruddin di Damaskus. Pertempuranpun akhirnya pecah antara pasukan Syirkuh dengan koalisi Syawar dan tentara Salib yang berlangsung selama bertahun-tahun. Pertempuran ini berakhir dengan kemenangan pasukan Syirkuh. Syawar akhirnya dieksekusi, dan pasukan Salib kembali dengan kekalahan.
Praktis setelah itu, Mesir berada di bawah kekuasaan paman Shalahuddin, sekaligus bertindak sebagai wazir dinasti Fatimiyah. Khalifah dan keluarga kerajaan sendiri tetap diizinkan pada posisinya, di bawah pengamanan Syirkuh. Tidak lama setelah itu, Syirkuh wafat, dan Nuruddin kemudian menunjukkan penggantinya. Namun sosok baru ini ternyata tidak disukai oleh keluarga Fatimiyah.
Khalifah kemudian memilih Shalahuddin untuk menggantikan posisi wazir menggantikan pamannya. Pada akhir maret 1169 M, Shalahuddin dilantik sebagai Wazir oleh Khalifah Fatimiyah terakhir Al-Adid, yang saat itu masih berusia belasan.
Segera setelah dilantik, Shalahuddin langsung menghadapi berbagai persoalan internal Mesir yang begitu kompleks. Mulai dari perebutan jabatan sebagai wazir, pemberontakan rakyat, hingga ancaman tentara Salib.
Hebatnya, di sisi yang lain, Shalahuddin saat itu juga bekerja untuk dua majikan sekaligus, yaitu Al-Adid Khalifah Fatimiyah, dan Nuruddin sultan Turki, di tambah lagi satu majian tidak langsung, yaitu Khalifah dinasti Abbasiyah. Semua situasi ini memang sebuah ujian kepemimpinan yang sangat berat bagi Shalahuddin. Namun secara meyakinkan, satu persatu masalah-masalah ini dapat dihadapinya.
